Pertanian di indonesia berkembang sesuai dengan pengetahuan masyarakatnya. Pertama kalinya, bercocok tanam dilakukan secara berpindah-pindah. Ladang atau hutan dibuka, lalu ditanami tanaman pokok seperti padi gogo, tales, ubi kayu, ubi jalar dan sayur-sayuran. Tanaman tersebut belum diberi pupuk kandang atau dilakukan pemeliharaan lainnya. Mulanya, tanaman tumbuh subur, tetapi makin lama merosot kesuburannya. Karena produksi menurun, petani pindah ke tempat lain. Lalu membuka hutan kembali dan menanaminya. Ladang yang telah ditinggal akan menjadi tandus, bahkan menjadi ladang ilalang.
Sistem ladang berpindah tersebut kemudian berkembang menjadi sistem pertanian tradisional karena pengelolaannya masih sederhana. Pengolahan tanah baru dilakukan pada waktu musim hujan. Tanah tegalan umumnya ditanami hanya satu jenis tanaman secara terus menerus dalam waktu yang lama sehingga menimbulkan masalah berupa kesuburan tanah berkurang, hasil panenan merosot, serta hama dan penyakit berkembang dengan pesat. Pada tanah yang miring, kesuburannya cepat merosot dan banyak terjadi erosi karena tanahnya belum dibuat terasering.
Sebenarnya pertanian tradisional merupakan pertanian yang akrab lingkungan karena tidak memakai pestisida. Akan tetapi, produksinya tidak mampu mengimbangi kebutuhan pangan penduduk yang jumlahnya terus bertambah. Untuk mengimbangi kebutuhan pangan tersebut, perlu diupayakan peningkatan produksi yang kemudian berkembang sistem pertanian konvensional.
Dalam sistem pertanian konvensional, mulai dipergunakan pupuk pabrik, pestisida sintetis, perangsang tumbuh, antibiotika dan lain-lain untuk meningkatkan produksi pangan. Dengan cara ini, produksi sangat meningkat, tetapi disisi lain hadirnya produk=produk pabrik tersebut dapat mencemari lingkungan dan menganggu kesehatan. Selain itu, pertanian konvensional banyak tergantung pada bahan kimia yang harganya mahal, bahkan kadang-kadang langka. Ketergantungan ini dapat menyebabkan produksi yang merosot dan biaya produksi yang tinggi (tidak sesuai dengan harga jual).
Permasalahan yang dihadapi dalam pertanian konvensional dapat diselesaikan dengan mengembangkan pertanian organik. Konsep pertanian organik berawal dari pemikiran bahwa hutan alam yang terdiri dari ribuan jenis tanaman bisa hidup subur tanpa campur tangan manusia. Kondisi hutan dapat memberi makan dan perlindungan dengan temperatur yang cocok untuk binatang bear maupun kecil, serangga, cendawan, bakteri dan makhluk hidup lainnya. Kotoran burung atau binatang lainnya serta mulsa dari daun-daunan secara perlahan, tetapi pasti akan terurai sehingga menjadi pupuk bagi tanaman.