Pertanian organik mulai muncul di Indonesia pada tahun 1984. Yayasan Bina Sarana bakti mulai mengembangkan pertanian organik di Cisarua, Bogor pada alahan seluas 4 hektar. Dari Cisarua ini, banyak orang belajar mengenai pertanian organik dan kemudian mengembangkannya didaerahnya. Sekarang ini, pertanian organiktelah banyak diterapkan, seperti di Lembang (Bandung), Kaliwiro (Wonosobo), dan Salatiga.
Ditempat-tempat tersebut, tanaman organik diusahakan dalam hamparan atau ditanam di lahan. Karena kebanyakan tanaman yang diusahakan berupa tanaman sayuran maka di Jakarta pun telah banyak pengusaha tanaman organik yang menamam di pot atau polibag.
Jenis tanaman yang ditanam secara organik pun sekarang tidak terbatas hanya tanaman sayuran saja, tetapi telah diusahakan tanaman buah (walupun tidak dalam skala luas), tanaman padi maupun tanaman obat. Produk tanaman organik masih terbatas dikonsumsi oleh orang-orang yang sadar akan kesehatan, tidak menutup kemungkinan di tahun mendatang banyak orang yang beralih ke produk tanaman organik.